Audit Tahap 2 atau audit sertifikasi adalah penilaian lapangan secara menyeluruh oleh lembaga sertifikasi untuk memverifikasi kebenaran implementasi sistem manajemen sesuai dengan dokumen yang telah disetujui pada Tahap 1. Auditor akan mengumpulkan bukti-bukti objektif melalui wawancara dengan staf, observasi aktivitas produksi/layanan, dan pemeriksaan rekaman kerja harian. Fokus utama audit ini adalah memastikan bahwa apa yang tertulis dalam prosedur benar-benar dijalankan di seluruh level organisasi secara konsisten guna mencapai sasaran mutu yang telah ditetapkan.
Bagi praktisi lapangan, Audit Tahap 2 adalah ujian sesungguhnya bagi efektivitas pelatihan ISO yang telah diberikan kepada karyawan. Konsultan menyarankan agar setiap departemen menyiapkan bukti pendukung seperti logbook, laporan inspeksi, dan sertifikat kalibrasi alat. Hasil dari Audit Tahap 2 akan menentukan apakah organisasi direkomendasikan untuk mendapatkan sertifikat ISO atau tidak. Temuan ketidaksesuaian (non-conformity) pada tahap ini harus segera ditindaklanjuti dengan rencana tindakan korektif dalam batas waktu tertentu agar proses penerbitan sertifikat dari kementerian atau lembaga berwenang dapat segera diproses tanpa kendala administratif lebih lanjut.
